Sub-Substansi Persandian mempunyai tugas:

1. menyusun dan melaksanakan rencana program dan kegiatan sesuai bidang tugasnya;
2. menyiapkan bahan perumusan kebijakan di bidang penyelenggaraan persandian untuk pengamanan informasi dan penetapan pola hubungan komunikasi sandi antar perangkat daerah;
3. melaksanakan kebijakan manajemen resiko asset organisasi;
4. melaksanakan tata kelola dan perlindungan informasi berklasifikasi;
5. menyiapkan konsep perencanaan, anggaran dan target capaian penyelenggaraan persandian untuk pengamanan informasi di tingkat kota dengan mengutamakan keamanan informasi di tingkat kepala daerah, pimpinan dewan, dan  pimpinan perangkat daerah;
6. menyiapkan konsep kebijakan teknis persandian untuk pengamanan informasi dengan berpedoman pada NSPK yang telah disusun oleh Lembaga Sandi Negara;
7. menyiapkan konsep pola dan melaksanakan hubungan komunikasi sandi;
8. melaksanakan kegiatan penyiapan, pemanfaatan dan pengembangan SDM Sandi, Materiil Sandi dan Jaring Komunikasi Sandi (JKS);
9. melaksanakan kegiatan pemenuhan kompetensi SDM Sandi melalui penyiapan dan pengiriman personil untuk mengikuti diklat-diklat sandi yang diselenggarakan oleh Lembaga Sandi Negara;
10. melaksanakan kegiatan pemenuhan kompetensi SDM Sandi melalui partisipasi pada kegiatan pembinaan persandian yang diselenggarakan oleh Lembaga Sandi Negara baik melalui asistensi, workshop, pelatihan, seminar, dan/atau bimbingan teknis persandian;
11. melaksanakan kegiatan peningkatan kesadaran keamanan informasi (security awareness) dengan menyelenggarakan sosialisasi atau seminar pentingnya kesadaran keamanan informasi di tingkat pimpinan daerah meliputi kepala daerah, pimpinan dewan, dan pimpinan perangkat daerah;
12. melaksanakan pengelolaan pusat persandian;
13. melaksanakan kegiatan pengukuran dan evaluasi penyelenggaraan persandian dan tingkat keamanan informasi secara internal pada masing-masing perangkat daerah;
14. melaksanakan pengelolaan dan pemeliharaan materiil, sarana, prasarana, dan infrastruktur persandian untuk pengamanan informasi;
15. melaksanakan pengamanan fisik dan kontrol terhadap akses informasi atau fasilitas pemroses informasi terutama yang berkaitan langsung dengan pimpinan perangkat daerah;
16. melaksanakan kegiatan pemulihan data dari gangguan jaringan sistem informasi dengan tetap menjaga integritas dan ketersediaan data;
17. mengawasi penyelenggaraan persandian untuk keamanan informasi internal;
18. memantau, mengevaluasi dan melaporkan pelaksanaan kebijakan operasional di bidang penyelenggaraan persandian untuk pengamanan informasi dan penetapan pola hubungan komunikasi sandi antar perangkat daerah;
19. membuat laporan hasil pelaksanaan program dan kegiatan sesuai dengan bidang tugasnya;
20. melaksanakan sistem pengendalian intern pemerintahan; dan
21. melaksanakan tugas lain yang diperintahkan oleh atasan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.